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Description du projet

EMAN is a scientific image processing suite with
full Python bindings. While it is mainly
designed to perform single-particle
reconstructions of individual molecules, it may
also have uses for many other imaging methods.
Single particle reconstruction is a method where
projection images of individual molecules in random
orientations are processed to produce a 3D structure
of the molecule in question. The library can process
1-3 dimensional data in a variety of formats, including
a variety of Fourier and real-space filters and many
more esoteric image processing routines.

Système requise

System requirement is not defined
Information regarding Project Releases and Project Resources. Note that the information here is a quote from Freecode.com page, and the downloads themselves may not be hosted on OSDN.

2007-02-23 08:35
1.8

Des améliorations substantielles ont été faites dans refine2d.py. Utilisation refine2d.py sur tous les nouveaux ensembles de données est fortement suggéré. Certains programmes utilisent le style EMAN2 d'arguments, à savoir «programme <file> - option = valeur", plutôt que le style ancien, "programme <file> option = valeur". Il existe un format HDF5 nouvelles compatibles avec EMAN2. Nouveaux programmes SARI ont été ajoutés, tels que "squelette". De nouvelles options ont été ajoutées pour rendre le travail de raffinement de meilleure qualité sur les grands objets icosaédrique. L'infrastructure de parallélisme a été améliorée, même si les problèmes liés au réseau mai existent toujours. Random génération de modèle dans makeinitialmodel.py a été fixée.
Tags: Minor feature enhancements
Substantial improvements were made in refine2d.py. Using refine2d.py on all new data sets is strongly suggested. Some programs use the EMAN2 style of arguments, i.e. "program &lt;file> --option=value", rather than the old style, "program &lt;file> option=value". There is a new HDF5 format compatible with EMAN2. New AIRS programs were added, such as "skeleton". New options were added to make refinement work better on large icosahedral objects. The parallelism infrastructure was improved, though network-related problems may still exist. Random model generation in makeinitialmodel.py was fixed.

2005-05-24 17:31
1.7

Une refonte majeure de l'infrastructure de parallélisme (runpar) a été fait. Il utilise maintenant serveur de fichiers à la fois pour des lectures et écritures dans les versions de cluster. Un communiqué de binaire a été faite pour AMD64, et le soutien pour OSX a été améliorée. Un nouveau programme, refine2d.py, a été ajoutée pour la génération de référence libre en classe des moyennes à partir d'un ensemble de particules. Un nouveau programme, makeinitialmodel.py, a été ajoutée pour la construction de modèles 3D à partir des blobs. Le logiciel SARI a été considérablement élargi et amélioré aux reliures Chimera. D'importantes améliorations ont été effectuées pour le programme expérimental de pré-traitement 2D cristallographie (qindex).
Tags: Major feature enhancements
A major overhaul of the parallelism infrastructure
(runpar) was done. It now uses fileserver for both
reads and writes in the cluster versions. A binary
release was made for AMD64, and support for OSX
was improved. A new program, refine2d.py, was
added for generating reference-free class-averages
from a set of particles. A new program,
makeinitialmodel.py, was added for constructing 3D
models from blobs. The AIRS software was greatly
expanded and improved with Chimera bindings. Major
improvements were done to the experimental 2D
crystallography preprocessing program (qindex).

2004-05-22 21:43
1.6

L'option dfilt fonctionne désormais correctement. Support pour les particules icosaédrique a été améliorée. Respect MRC/CCP4 a été améliorée. Le nouveau "qplot programme" a été ajouté pour les parcelles rapide des données 2D. support des fichiers de plus de 2G a été fixée. Des améliorations ont été apportées au module d'animation EMANimator pour Chimère. Soutien aux Opterons a été améliorée.
Tags: Minor feature enhancements
The dfilt option now works properly. Support for
icosahedral particles was improved. MRC/CCP4
compliance was improved. The new "qplot" program
was added for quick plots of 2D data. support for
files larger than 2G was fixed. Improvements were
made to the EMANimator animation module for
Chimera. Support for Opterons was improved.

2003-11-26 14:08
1.5

Le dfilt "" option a été ajoutée à affiner. Un prototype d'un module d'animation et d'autres outils pour Chimera ont été créés. Chimère de sortie a été ajoutée en segment3d. Autosegmentation des structures symétriques est maintenant fait. Un bug dans l'écriture d'images PNG a été fixée. PGM écrit image a été améliorée. Chimera compatible MRC-tête d'information est mis sur tous les fichiers MRC écrit. Des améliorations ont été apportées à procpdb.py. Bugs avec les alignements dans les images non divisible par 4 ont été corrigés. Binaires pour plusieurs plates-formes Linux sont maintenant disponibles.
Tags: Minor feature enhancements
The "dfilt" option was added in refine. A
prototype of an animation module and other tools
for Chimera were created. Chimera output was added
in segment3d. Autosegmentation of symmetric
structures is now done. A bug in PNG image writing
was fixed. PGM image writing was improved.
Chimera-compatible MRC header information is put
on all MRC file writes. Improvements were made to
procpdb.py. Bugs with alignments in images not
divisible by 4 were fixed. Binaries for more Linux
platforms are now available.

2003-09-05 07:29
1.4

Cette version se caractérise par une meilleure bindings Python, des améliorations majeures au parallélisme, la persistance de prises de courant, de nouveaux critères de similarité d'images, plus précis des alignements, doux bords sur automasks, et une option pour l'application de facteur connu de structure pour la correction d'amplitude au cours de raffinement
Tags: Major feature enhancements
This version features better python bindings, major
improvements to parallelism, persistent sockets, new
image similarity criteria, more accurate alignments, soft
edges on automasks, and an option for applying known
structure factor for amplitude correction during
refinement

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