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Description du projet

Visualization of Protein Ligand Graphs (VPLG) uses a graph-based model to describe the structure of proteins on the super-secondary structure level. A protein-ligand graph is computed from the atomic coordinates in a PDB file and the secondary structure assignments of the DSSP algorithm. In this graph, vertices represent secondary structure elements (SSEs, usually alpha helices and beta strands) or ligand molecules, while the edges model contacts and relative orientations between them. The graphs can be visualized, written to a database, and saved in a text-based file format.

Système requise

System requirement is not defined
Information regarding Project Releases and Project Resources. Note that the information here is a quote from Freecode.com page, and the downloads themselves may not be hosted on OSDN.

2012-10-27 06:37
2012_10_11

Graphiques, c'est-à-dire les composants connectés de graphes de ligand de protéine, de pliage peut maintenant également être exportée dans tous les formats. Vous pouvez également configurer VPLG pour ajouter des métadonnées (p. ex. les espèces) pour les graphiques exportés dans les commentaires (pour les formats d'exportation prenant en charge les commentaires mais aucune métadonnée de graphique).
Tags: Beta
Folding graphs, i.e. connected components of protein ligand graphs, can now also be exported in all formats. You can also configure VPLG to add metadata (e.g. species) to exported graphs in comments (for export formats that support comments but no graph metadata).

2012-08-09 06:19
2012_08_07

Les modifications les plus importantes dans le présent communiqué sont des améliorations de VPG. Un nouveau formulaire permet de créer facilement un fichier DSSP partir d'un fichier PDB, c'est à dire, que le programme de dsspcmbi de Kabsch & Sander affecter les informations de structure secondaire vers les coordonnées de l'atome dans le fichier PDB. Certains correctifs, les menus réarrangés et les nouveaux raccourcis clavier pour les nombreuses fonctionnalités VPG sont également nouveaux.
The most important changes in this release are some improvements for VPG. A new form allows you to easily create a DSSP file from a PDB file, i.e., have the dsspcmbi program by Kabsch & Sander assign secondary structure information to the atom coordinates in the PDB file. Some fixes, rearranged menus, and new keyboard shortcuts for many VPG features are also new.

2012-04-27 06:01
2012_04_17

Cette version vient avec beaucoup de bugs et quelques nouvelles fonctionnalités à la fois splitpdb et plcc : prend en charge pour une protéine de la suppression de la base de données ; splitdb support pour gzip d'entrée fichiers PDB et écrire des fichiers de sortie gzip ; modifications de mise en page de base de données et des corrections ; et travaux sur similarité de graphiques de protéine. Il ajoute le calcul d'un classement de vertex spatiale d'un graphique si possible pour le graphique ; après ce sommet ordonnant, la notation de la clé de la bibliothèque graphique de protéine topologie également calculent.
Tags: Beta
This version comes with many fixes and some new features for both splitpdb and plcc: support for deleting a protein from the database; splitdb support for gzipped input PDB files and writing gzipped output files; database layout changes and fixes; and work on similarity methods for protein graphs. It adds computation of a spatial vertex ordering of a graph if possible for the graph; based on this vertex ordering, the KEY notation from the Protein Topology Graph Library can also be computed.

Project Resources