Kazuharu Arakawa
gaou****@sfc*****
2007年 8月 29日 (水) 02:59:37 JST
g. thanx, パッチあてました。次期リリースに含めます。 Kazuharu Arakawa, Ph.D. Institute for Advanced Biosciences, Keio University 252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099 On 2007/08/27, at 19:31, Hiroyuki Nakamura wrote: > 中村浩之と申します． > よろしくお願いします． > > g-languageの関数 set_operon()が参照先のファイル形式の変更によって動作し > なくなっていました．多少の変更だったので一部分を書き換えることで動作する > ようになりましたので、パッチを送らせていただきます． > > あまり良い解決方法ではないかもしれませんが、、 > > patchの形式はunified diffです． > > -- > Hiroyuki Nakamura > t0463****@sfc***** > Faculty of Environmental Information > --- Operon.pm.org 2007-08-27 15:53:15.000000000 -0400 > +++ Operon.pm 2007-08-27 15:57:19.000000000 -0400 > @@ -100,25 +100,29 @@ > > my $flag = 0; > open(FILE, $dir) || die($!); > - while(<FILE>){ > + while (<FILE>) { > chomp; > - > - if(/^\(1\)/){ > - $flag ++; > - next; > + > + if (/^Columns\:/) { > + $flag++; > + next; > + } > + elsif(/^\t\(\d\)\s/) { > + $flag++; > + next; > } > - > - if($flag){ > + > + if($flag == 5){ > > my %geneOrder; > > my ($operon, $num, $direction, $genes) = split(/\t/, $_, 4); > next unless($num >= 2); > - > + > foreach my $genepair (split(/,/, $genes)){ > my ($gene, $locustag) = split(/\|/, $genepair, 2); > - > my $cds = $gb->gene2id($locustag); > + > $cds = $gb->gene2id($gene) unless(length $cds); > > if($cds){ > _______________________________________________ > Glang-devel mailing list > Glang****@lists***** > http://lists.sourceforge.jp/mailman/listinfo/glang-devel
