[Glang-users] 1.8.7 リリース

Back to archive index

Kazuharu Arakawa gaou****@sfc*****
2009年 3月 13日 (金) 21:57:13 JST


g.

BioHackathonに向けて集中開発中です。
1.8.7リリースしました。
細かいbug fixと、set_operon()の多種への対応(Operon  
Database使用)、
あとはtogoWS(http://togows.dbcls.jp/)のインターフェイス 
作成が
メインです。

togoWS()はG-language Projectらしくminimalなデザイ 
ンで、
ほとんどのデータベースの場合IDからデータベースを自動判 
別するので
IDの入力のみでentry取得ができます。詳しくはhelpを 
ご覧下さい。

changelogは以下の通り。

===== v.1.8.7    2009.03.13  =====
   * added -print=>1 option to $gb->find()
   * fixed bug of calc_pI(), peptide_mass(), nucleotide_periodicity(),  
palindrome(), codon_usage()
   * changed	the deafult behavior to	return fasta as a string as well  
as outputting to a file
   * updated set_operon() to match RegulonDB 6.0. added $genome- 
 >{$cds}->{operonEvidence} for E.coli. Moreover, about 200 bacterial  
genomes are now supported through Operon DataBase (ODB).
   * implemented togoWS(), interface to togoWS.

-------------- next part --------------
HTMLの添付ファイルを保管しました...
Télécharger 



Glang-users メーリングリストの案内
Back to archive index