Kazuharu Arakawa
gaou****@sfc*****
2009年 3月 13日 (金) 21:57:13 JST
g. BioHackathonに向けて集中開発中です。 1.8.7リリースしました。 細かいbug fixと、set_operon()の多種への対応(Operon Database使用)、 あとはtogoWS(http://togows.dbcls.jp/)のインターフェイス 作成が メインです。 togoWS()はG-language Projectらしくminimalなデザイ ンで、 ほとんどのデータベースの場合IDからデータベースを自動判 別するので IDの入力のみでentry取得ができます。詳しくはhelpを ご覧下さい。 changelogは以下の通り。 ===== v.1.8.7 2009.03.13 ===== * added -print=>1 option to $gb->find() * fixed bug of calc_pI(), peptide_mass(), nucleotide_periodicity(), palindrome(), codon_usage() * changed the deafult behavior to return fasta as a string as well as outputting to a file * updated set_operon() to match RegulonDB 6.0. added $genome- >{$cds}->{operonEvidence} for E.coli. Moreover, about 200 bacterial genomes are now supported through Operon DataBase (ODB). * implemented togoWS(), interface to togoWS. -------------- next part -------------- HTMLの添付ファイルを保管しました... Télécharger