Biomolecule Toolkit

Il s'agit d'une version de maintenance de la bibliothèque Core BTK, contenant des mises à jour de la documentation, des corrections de bugs et ajouts caractéristique mineure. Les interfaces sont destinés à être rétro-compatible avec la version 0.8, bien que dans certains cas, la compilation re-seront nécessaires.

Le présent communiqué constitue une réécriture complète et la réorganisation des classes du noyau stable de la boîte à outils biomolécules. Inclus sont des classes pour représenter les atomes, les molécules, les polymères et les systèmes multi-molécule, avec PDB-formaté I / O, les routines mathématiques, et des algorithmes qui sont utiles pour la modélisation moléculaire.

Ce communiqué est un développeur de mise à jour de l'Outil de biomolécules (BTK). Des changements importants comprennent plus de superposition optimale et rapide des fonctions rmsd, ajout d'une protéine N-terminal et C-groupes d'administration, de la conversion de l'atome à des fins générales des algorithmes à base de code de modèle pour une utilisation avec différents types itérateur, fixe pour la construction amide backbone protéines protons et de protéines épine dorsale des atomes d'oxygène du carbonyle, des modifications importantes aux installations de stockage atom / système de recherche de généralité augmenté, et la migration du code sous-jacent à l'algèbre linéaire Boost:: Bibliothèque uBLAS.

Ceci est communiqué d'un développeur de la BTK. Des changements importants comprennent l'ajout de la traduction statique du corps, rotation, Centre-du-masse et les calculs de l'axe principal, la création d'une classe statique constructible organisme Molecule et vastes travaux de nettoyage du bâtiment molécule / pliage de code. Aussi, la classe PredicateIterator a été introduite pour utilisation dans les itérations molécule sélective. Enfin, il ya eu de nombreux nettoyages de code et corrections de bugs.

Ce communiqué est un développeur de mise à jour de la trousse à outils biomolécules. Les modifications de cette version incluent une réécriture de l'interface du lecteur de pdb, en renommant détaillée des classes et méthodes, à la circulation d'armes atomiques coordonner la représentation à la base de molécule de classe, et un certain nombre de corrections et nettoyages du code général.