Kazuharu Arakawa
gaou****@sfc*****
2007年 9月 27日 (木) 00:48:55 JST
g.
1.7.5リリースしました。
リファクタリングが中心です。1.8.x系は基本的にインラインドキュメント
の整備とコード最適化にする予定なので、大規模な変更は1.7.x系で
すませたいと思っています。
主な変更点は以下の通り。
===== v.1.7.5 2007.09.26 =====
*added $gb->around_startcodon() and $gb->around_stopcodon()
*removed G::Seq::Eliminate::eliminate_pat(). try the following instead:
foreach $cds ($gb->cds()){
next if ($gb->around_startcodon($cds, 50, 50) =~ /pattern/);
}
*removed G::Seq::Eliminate::valid_CDS(). try the following instead:
foreach $cds ($gb->cds()){
my $genelength = length($gb->get_geneseq($cds))
next if ($genelength > 10000 || $genelength < 20);
}
*moved G::Seq::Eliminate::eliminate_atg to G::Seq::Util::filter_cds_by_atg. G::Seq::Eliminate is deprecated.
*removed maskseq, pasteseq, cds_echo, print_gene_function_list, atgcon from G::Seq::Util
*removed find_identical_gene, pseudo_atg from G::Seq::ORF
*fixed new G("file", "longest orf annotation");
*moved and rewritten longest_ORF to G::Seq::Util. G::Seq::ORF is now removed.
*G::Tools::(PBS|H2v|EPCR) are now deprecated.
*G::System::STeP is now deprecated.
Kazuharu Arakawa, Ph.D.
Institute for Advanced Biosciences, Keio University
252-8520 Japan Tel/Fax: +81-466-47-5099