一応 commit 4976288 で通るようになったっぽいですが，ドキュメントや本格的な動作確認が追いついていません． しかし，luatexja-fontspec 利用者にとっては重大な問題なので，動作確認との兼ね合いも合わせて，明日夕方にリリースします．
20170124.0 をリリースしました．
\textquotedblleft 等が和文文字で組まれてしまう症状が Rembrandt Wolpert さんによって報告されました．tuenc.def をリロードする必要がありそうです．
9283ed0 で，\DeclareTextSymbol の定義を書き換えた後に tuenc.def を読みなおすコードを入れました． \DeclareTextSymbol で定義された命令はもはや chardef トークンではない（「\ltjalchar 8220 」のような中身になる）ので， 副作用が出ないか心配です．
\setmainfont が \rmfamily を書き換えるなどの問題もありましたが，直した 20170219.0 を出したので完了とします．
Fork
本日 2017/01/23 の TeX Live の更新を適用し，test09-fontspec.tex をタイプセットすると
! Undefined control sequence. l.352 \__fontspec_define_feature_option:nnnnn {CJKShape}{JIS2004}{20}{100}{+jp04}などのエラーが出ます．