sdottaka ご連絡ありがとうございます。 ESCキーでWinMergeを終了するコマンドラインオプション /e または -e を指定していたりしないでしょうか? 上記オプションは、設定よりも優先されます。 (TortoiseSVN, TortoiseGit がインストールされている状態で、WinMergeをインストールすると左記ツールの差分表示プログラムとしてWinMergeが登録されますが、
コメントありがとうございます。
ご指摘の通りTortoiseGit がインストールされています。 オプション-eを削除することで解決しました。
sdottaka 
Fork
「Escキーでウィンドウを閉じる」を無効にしているのに、Escキーでウィンドウが閉じられてしまう場合があります。