wm3d/HowToUse.ja/quich_tutorial - Watermelon Wiki - Watermelon

クイックチュートリアル

バージョン 0.5 以降限定の機能を使っています。が、別に0.5以降のwm3dをダウンロードする必要はないです。

とりあえず最低限の使い方です。とりあえずここではwm3dをダウンロードする必要はありません。ウェブ上にあるデータだけを使います。 唯一必要なデータは表示したい分子の pdb ファイルです。基本的にはタンパク質構造(PDBにあるもののような)を想定しています。

まずは、このプロジェクトのウェブページに行きます。http://watermelon.sourceforge.jp/ です。Flash Playerが正しく設定されていれば、 以下のようにリボン表示のタンパク質が見えるはずです。見えない場合はブラウザかFlash Playerの設定をどうにかしてください。

これは、wm3d 0.5 (以降?)のサンプルムービーです。バージョンについては、マウスでムービーを一旦クリックした後、 キーボードの"a"を押すと表示されるはずです。このムービーをベースにして新しいFlashのムービーを作ります。

で、ムービーにフォーカスしてから、キーボードの"l"(エル)を押します。以下のようにファイルを選ぶダイアログが表示されるはずです。 ここで読み込ませたいPDBファイルを選びます。(XMLは書式がwm3d独自のものなので用意するのはめんどいです)

今回はwm3dのサンプルに入っているxmlファイルを使っていますが、まぁなんでもいいです。なお、pdbでタンパク質構造を読み込ませる場合、 二次構造についてはPDBファイルに記述がある場合はそれを使いますが、無い場合は適当に決められます。後者は本当にテキトーなので期待 しないでください。HETATM的なものもまぁなんとか処理してくれると思います。うまくいくと下のように表示されます。PDBから読み込んだ 場合にはそれなりに時間がかかります。あんまりでかいのは止めた方が無難です。周囲に溶媒がみっちり詰まっているMD計算の結果なんかは 無謀の極みなので、絶対にやめましょう。ちなみに、読み込みにあまりに時間がかかるとエラー中断される悪寒。

んで、このデータをもったSWFを出力します。ムービー上で"x"か"X"を押します。Xの場合には拡大縮小や回転とかの状態も作成するムービーに 反映されます。ある程度。するとまぁ、以下のように保存のためのダイアログがでますので適当にどうぞ。 デフォルト名はwm3d.swfになっています。多分。保存したswfファイルを他のところ、ウェブページやppt、デバッグ用プレーヤーで表示すればまぁ なんとかなるでしょう。

表示例

XMLデータの編集(色変えるとかオブジェクト消すとか)はムービー上で"e"を押すと、テキストボックスにXMLデータが表示されるので、そこで編集 することができます。ただし、XMLとして読み込めないような状態にするとフリーズします(その内直します)。別の手段として、"S"(shift+s)を押すと 現在のXMLデータをファイルに保存することができます。これをテキストエディタなり、XMLエディタで編集した後、再び読み込ませることが できます。